Il codice di buona condotta amministrativa contiene i principi fondamentali per il personale dell'Agenzia che devono essere alla base delle relazioni con il pubblico. Questi principi comprendono: legalità, assenza di discriminazione, proporzionalità delle misure adottate rispetto all'obiettivo voluto e coerenza della condotta amministrativa.

Lo scopo del codice è garantire che l'Agenzia fornisca al pubblico un servizio di alta qualità e lo informi in merito agli standard di condotta che ha il diritto di vedere rispettati nelle sue relazioni con l'ECHA.

Il consiglio di amministrazione ha adottato nel 2007 il codice, che si applica a tutto il personale.